Jednym z powodów, dla których nauka odniosła taki sukces, jest to, że naukowcy traktują wiedzę i narzędzia jako dobra publiczne. Nie gromadzimy wiedzy, ale raczej piszemy prace, dzielimy się technikami, proponujemy sugestie itp. Z pewnością są przypadki, w których dzielenie się nie jest korzystne, ale wydaje się, że tutaj nie mają one zastosowania. Więc oczywiście powinieneś udostępnić swój program komputerowy! Powinieneś podzielić się nim z ludźmi, których lubisz, ludźmi, których nie lubisz i ludźmi, których nawet nie znasz.

Idealnie byłoby, gdybyś udostępnił swój program publicznie.

Zapewnienie innym dostępu do tego kodu nie przeszkadza Ci w jego używaniu i pomoże Ci zbudować reputację w Twojej dziedzinie.

Nie tylko to, ale udostępniając je publicznie, a nie tylko Twojemu doradcy, nie ma ryzyka, że ​​uznają Twoją pracę za własną - co, jak przypuszczam, jest Twoim głównym zmartwieniem w odniesieniu do obecnego bilansu sił w Twoim związku.

Jako osoba zajmująca się informatyką naukową zgadzam się z tym, co mówią inni, i prawdopodobnie poszedłbym o krok dalej. Ujmując to hiperbolicznie:

Odrzucanie rozsądnych próśb o kod użyty w opublikowanym artykule jest niewłaściwym postępowaniem etycznym.

Jeśli polegałeś na wynikach programu w celu uzyskania wyników naukowych, to program jest częścią "materiałów" twojego referatu i obowiązują te same wytyczne dotyczące udostępniania innych materiałów wykorzystywanych do tworzenia referatów. Podobnie jak jesteś etycznie zobowiązany do rozsądnego udostępnienia (niekomercyjnie dostępnych) plazmidów, linii komórkowych, szczepów myszy itp., Które wygenerowałeś dla swoich opublikowanych badań, tak samo jesteś zobowiązany do udostępnienia (niekomercyjnie dostępnego) kod, który wygenerowałeś dla swoich opublikowanych badań.

Jest to jeszcze bardziej odpowiednie do kodu, ponieważ kod to nie tylko „materiał”, ale także „metoda”. Chociaż z pewnością powinieneś opisać algorytm w tekście, zazwyczaj istnieje duża liczba szczegółów, które są widoczne tylko po zbadaniu kodu. Jest mało prawdopodobne, aby badacz był w stanie odpowiednio podsumować wyniki z ponownej implementacji algorytmu z samej sekcji metod. Jest to szczególnie prawdziwe w przypadku (mało prawdopodobnego?) Zdarzenia, w którym występuje błąd. Niewydanie kodu jest równoznaczne z powiedzeniem „Oczyściliśmy białko” lub „Zmierzyliśmy X” w sekcji metod: brak szczegółów potrzebnych komuś do odpowiedniego odtworzenia wyników.

Oczywiście, rozsądnie „jest w wymaganiach wydania, ale„ rozsądne ”odmowy dotyczące materiałów laboratoryjnych mokrych mają tendencję do uwzględniania dostępności i czasu: obecnie nie ma ich wystarczająco dużo do udostępnienia lub wysłanie ich do Ciebie byłoby dużym obciążeniem dla laboratorium. Zwykle nie dotyczą one oprogramowania - możesz wykonać dowolną liczbę kopii i jest to tanie.

„Rozsądne” odmowy dotyczące oprogramowania prowadzą do problemów z licencjami. Na przykład, jeśli nie masz prawnych możliwości rozpowszechniania kodu ze względu na używane biblioteki. Lub jeśli Twoja instytucja sprzedaje kod w celach komercyjnych, może być konieczne zażądanie od innych, aby uzyskali oprogramowanie w sposób komercyjny.

W Twoim przypadku nie wygląda to tak, jakbyś miał powód związany z wysiłkiem lub licencją za odmowę. Nie brzmi to nawet tak, jakbyś odmawiał ze względu na potencjalną konkurencję („ogromna różnica w naszych zainteresowaniach i perspektywach badawczych”). Zamiast tego wygląda na to, że bardziej odmawiasz, ponieważ żywisz urazę. To nie jest dobrze. Z pewnością zdarza się, że inni postępują w ten sposób, ale myślę, że większość ludzi zgodzi się, że odrzucanie rozsądnych próśb o udostępnienie metod i materiałów z powodu urazy jest nieetyczne.

Jeśli napisałeś kod w ramach swojej pracy jako doktorant i byłeś w ogóle uważany za pracownika instytucji jako doktoranta, to instytucja może posiadać prawa własności intelektualnej do napisanego przez Ciebie kodu („praca do wynajęcia ”). Zależy to oczywiście od prawa kraju, w którym znajduje się Twoja instytucja.

Jeśli napisałeś kod, który jest niezbędny do dalszej pracy twojego przełożonego i który odzwierciedla ważny wkład intelektualny, to albo (a) należy go zacytować, jeśli istnieje publikacja opisująca kod; lub (b) powinieneś być autorem publikacji korzystających z kodu.

W każdym przypadku masz moralną (i prawdopodobnie prawną) odpowiedzialność za udostępnienie kodu; Twój przełożony ponosi wzajemną odpowiedzialność za właściwe uznanie Twojego wkładu. Najlepiej byłoby, gdybyś opublikował swoją metodę (np. Frontiers Neuroinformatics), a następnie będzie można ją zacytować w pracy naukowej.

Wiele osób wspominało o udostępnianiu twojego kodu i całkowicie to popieram. Aby uzyskać bardziej szczegółowe informacje, umieść to na GitHubie.

Publiczne repozytoria są bezpłatne, przechowują historię wersji Twojej pracy, więc nawet Ty nie możesz jej zepsuć w terminal way, a inni mogą rozgałęzić twój kod w innym kierunku i rozwinąć go, zachowując przy tym właściwe odniesienie do ciebie jako twórcy. Możesz dołączyć swoje licencje do repozytorium ; często potrzebujesz takiego, który umożliwia bezpłatne korzystanie, ale wymaga cytatu. GitHub nawet automatyzuje to za Ciebie.

Możesz również wyjaśnić swój kod i pozostawić linki do swojej witryny / opublikowanej pracy / itp., Używając znacznika w pliku readme.md

Następnie, gdy ktoś taki jak Twój profesor poprosi o Twój kod, po prostu udostępniasz swój link GitHub.

Generalnie za dobrą praktykę uważa się publikowanie kodu używanego do badań / analiz związanych z publikowanymi rzeczami. Nie wszyscy to robią, ale wiele osób nie przestrzega najlepszych praktyk.

Niepublikowanie tego jest jak utrzymywanie części metod w tajemnicy lub używanie poufnych środków chemicznych.

Jeśli używałeś go w innych publikacjach, to nie tylko powinieneś go jej dostarczyć: powinieneś udostępnić go każdemu, kto chciałby sprawdzić / powielić twoją pracę.

Ponadto, jako osoba pracująca w oddziale neurologii, która pisze dużo kodu: Tak, cytaty do analizy nadal liczą się pozytywnie, nie tak bardzo, jak cytaty z rzeczy z twojej dokładnej specjalności, ale pokazuje, że jesteś bardziej dobrze zaokrąglony.

Kod użyty w badaniach powinien zostać poddany wzajemnej weryfikacji, tak jak i tak każda inna metoda.

Po pierwsze: dowiedz się, kto jest właścicielem! Nie jestem prawnikiem. W zależności od sytuacji, kraju itp. Kod może już należeć do instytucji, grupy badawczej itp. Zanim odmówisz, najpierw upewnij się, że to naprawdę Twoja decyzja.

Jeśli to twoja, proponuję upublicznić go. licencja, która będzie wymagała wzmianki o jej użyciu podczas korzystania z wyników i wymaga udostępnienia Ci ulepszeń.

Przeczytaj zasady swojej instytucji.

Twoje stanowisko zakłada, że ​​jesteś właścicielem praw autorskich do wspomnianego kodu, i ogólnie jest to fałszywe. Będzie to silnie zależało od uczelni, na której uczęszczasz, formalnego statusu studenta / personelu i instytucji, które Cię finansują, ale jest wiele przypadków, w których prawa autorskie do wyników badań doktoranta spoczywają na uniwersytecie. Ponadto w takich przypadkach osobą odpowiedzialną za tę część własności intelektualnej jest zwykle Twój przełożony - czyli Twój przełożony.

Oznacza to, że Twój przełożony może mieć prawo do żądania że dajesz jej kod i powstrzymujesz się od używania go w dalszych badaniach poza obecną instytucją. Oznacza to, że Twoim pierwszym przystankiem jest sprawdzenie, czy tak nie jest.

Jeden z moich znajomych był w podobnej sytuacji. Nie chciał przekazać swoich notatek LaTeX naszemu szefowi, ponieważ były postdoc w grupie zrobił to wcześniej, a nasz szef (według nich) publikował rzeczy w notatkach bez współautorstwa tego byłego postdoc. W rezultacie stosunki między moim przyjacielem a szefem w tamtym czasie zepsuły się, a mój przyjaciel stracił kilka możliwości pracy z powodu złych listów polecających.

Z drugiej strony, ja zawsze udostępniam kody. Kody nie są przeznaczone dla doradców, którzy rzadko mają czas, aby się w nie zagłębić. Są przeznaczone dla przyszłych absolwentów, którzy mają czas, aby się od nich uczyć, a czasami zdarza się, że znajdują błędy, o których nigdy nie pomyśleliśmy.

Mogą istnieć pewne zasady, jak powiedziano na innych plakatach, dotyczące dzielenia się własnością intelektualną powstałą podczas pracy na uniwersytecie, a Twój doradca może próbować je egzekwować, w zależności od twoich relacji z nimi. Zamiast odmówić, wolałbym prosić o odpowiednie cytowanie, a jeśli potrzebna jest dodatkowa praca, aby pomóc jej w uruchomieniu kodu, powinieneś jej powiedzieć, że chcesz współautorstwa artykułów.

Jeśli musisz odmówić, odmówić osobiście lub odmówić telefonicznie. Nie zamieszczaj niczego na piśmie, chyba że masz absolutną pewność swoich praw.

Ponieważ Twój doradca mianuje Cię Asystentem ds. Badań, pamiętaj, że może pośrednio kupować również Twoją przyszłą współpracę. W końcu, jeśli Twój kod jest wystarczająco złożony, może wymagać Twojej wiedzy, aby go zainstalować, zrozumieć, poprawnie uruchomić i ewentualnie zmodyfikować.

W takim przypadku możesz wykorzystać fakt, że nie masz czasu na pracę z nią, ani czasu na oczyszczenie kodu, aby był teraz bardziej czytelny lub użyteczny. Możesz też po prostu odrzucić jej prośbę, nie usprawiedliwiając się przed nią (ale znowu nie pisz tego na piśmie, po prostu powiedz jej osobiście lub telefonicznie, jeśli nie masz całkowitej pewności co do swoich praw).

A niektórzy wspomnieli, że możesz chcieć być cytowany za kod źródłowy, ale może też być tak, że nie chcesz, aby twoje imię i nazwisko kojarzyło się z jej projektem. Więc możesz też o to poprosić, jeśli chcesz.

A może możesz wyznaczyć sobie za cel wydanie kodu źródłowego, ale tylko za rok lub dwa od teraz, do tego czasu będzie też spóźniła się, by wykorzystała go w ramach swojego grantu. A może mógłbyś wypuścić starszą, mniej użyteczną wersję kodu.

Lub jeśli twój związek zakończył się naprawdę źle, możesz po prostu powiedzieć jej, że nie pomożesz i nie chcesz, żeby to zrobiła kiedykolwiek ponownie się z tobą skontaktuję. A potem możesz utworzyć filtr, który zapewni, że nigdy więcej nie zobaczysz jej wiadomości e-mail.

Chodzi mi o to, że masz wiele opcji. Chodzi tylko o to, że nie mam pewności co do powodu odrzucenia jej prośby. Gdybyśmy znali dokładny powód, być może moglibyśmy udzielić ci dokładniejszej odpowiedzi.

Oto, co radziłbym: napisz artykuł, który używa i wyjaśnia kod. Następnie, gdy udostępniasz kod, poproś, aby osoba, z którą go udostępniasz, zacytowała Twoją pracę.

Dobry przykład jest tutaj: http://www.modelinginfectiousdiseases.org/. Przeczytaj ostatnią linię, w której rozprowadzany jest kod z wierszem „jeśli używasz któregokolwiek z programów w swoich badaniach, prosimy o odniesienie się ...”

Szczególnie w przypadku, gdy mówisz, że masz różne zainteresowania badawcze, więc Twój doradca nie będzie z tobą konkurował, po prostu wyrzucasz bezpłatne cytaty (i dobre listy polecające), jeśli odmówisz udostępnienia. Fakt, że nikt nie udzielił dobrej odpowiedzi na pytanie „jak odmówić”, wynika z faktu, że nie możemy wymyślić żadnego dobrego uzasadnienia, aby to zrobić. Jeśli naprawdę potrzebujesz odpowiedzi na to pytanie, musisz wyjaśnić, jaki jest tego powód. „Nie chcę współpracować” nie jest dobrym powodem.